L'empire poursuit sa lutte contre les membres de l'alliance rebelle, n'hésitant pas à sacrifier nombre d'innocents pour parvenir à ses fins.
Quatre soldats écoeurés par les massacres auxquels ils ont participé, décident de déserter l'armée impériale. dans leur fuite, ils rencontrent han solo, chewbacca et le jeune luke skywalker, avec qui ils s'allient pour tenter de délivrer la princesse leia, cachée sur le territoire des forces du mal. mais les soldats dissidents parviendront-ils, le moment venu, à se battre contre leurs anciens compagnons ? et ces intrépides combattants réussiront-ils à échapper à mara jade claria, éminent agent de l'empire recruté par le chancelier palpatine, grand rival de dark vador ?
La Guerre des Clones vient d'éclater lorsque le maître Jedi Jorus C'Baoth demande au Sénat de subventionner son projet ambitieux, une expédition visant à coloniser les régions inconnues de la galaxie. Si, dans un premier temps, le gouvernement bureaucrate s'y oppose, C'Baoth réussit finalement à gagner le crédit politique dont il a besoin pour réaliser son rêve et organiser le vol vers l'infini. Ce que le maître ignore encore, c'est que le maléfique Dark Sidious s'intéresse de très près à cette mission. Une fois dans l'espace, le Jedi devra non seulement lutter contre cet ennemi redoutable mais encore se soustraire aux attaques du machiavélique Thrawn, un alien d'une intelligence peu commune. C'Baoth, qui pensait partir pour un simple voyage de reconnaissance, se retrouve pris dans une guerre dont l'enjeu se révèle être sa propre survie...
Le plan de l'Empire se déroule implacablement. La Nouvelle République est au bord de la guerre civile et la nouvelle de la résurrection de l'Amiral Thrawn galvanise les Impériaux. Luke Skywalker, Yan Solo, la princesse Leia et leurs alliés affrontent le suprême défi. Ils doivent infiltrer une forteresse cachée pleine de fanatiques de l' Amiral, se mesurer avec un commandant expert en double jeu et s'aventurer en territoire ennemi pour identifier les responsables d'un génocide impensable. Mais c'est Thrawn - mort ou vif - qui tient entre ses mains le sort de la Nouvelle République.
Le Grand Amiral Thrawn, qui veut restaurer l'Empire, a perdu la première bataille. Mais il a passé un pacte avec le Jedi fou. Il fait accuser d'espionnage le chef militaire de la République. Et surtout... Dans un repli du continuum, la Force Sombre attend. Deux cents cuirassés armés en guerre, qui n'ont jamais servi. Depuis des dizaines d'années, ils sont tapis. Seuls, silencieux, effrayants. Ils vont décider du sort de la guerre.
Dans la Galaxie, les planètes flambent, les systèmes solaires tombent tour à tour. Grâce aux cuirassés de la Force Sombre et à leurs équipages de clones-soldats, le Grand Amiral Thrawn balaye toute résistance. Luke et ses amis cherchent fébrilement le complexe de clonage pour éteindre l'incendie. Ce qu'ils ne savent pas, c'est que le Jedi fou le cherche aussi. Pour devenir maître du monde.
Dark Vador est mort. L'Empereur est mort. L'Etoile Noire est détruite. Cinq années ont passé. La Galaxie respire. Mais comme la guerre des étoiles semble gagnée, des dissensions commencent à se manifester dans la Nouvelle République. La paix interstellaire est menacée par de nouveaux défis.
Et Luke Skywalker entend une voix surgie de son passé. Une voix qui avertit : PRENDS GARDE AU COTE OBSCUR...